Virtual Screening, Pharmacokinetics, Molecular
dynamics and binding free energy analysis for
small natural molecules against Cyclin-dependent
kinase 5 for Alzheimer’s disease

آنالیز غربالگری مجازی، فارماکوکینتیک، دینامیک مولکولی و  انرژی آزاد اتصال برای مولکول های کوچک طبیعی در مقابل کیناز وابسته به سایکلین 5 در بیماری آلزایمر

بیماری آلزایمر(AD) یک اختلال عصبی دژنراتیو (از بین برنده نورون) است که با مرگ سلولی و از دست رفتن حافظه مشخص می شود

و شایع ترین شکل زوال عقلی می باشد. با وجود اثرات ویرانگر آلزایمر، داروهای درمان کننده آن محدود می باشد. کیناز 5 وابسته به

سایکلین (CDK5) به عنوان فاکتور دخیل در هایپرفسفوریلاسیون بیماریزای پروتئین تائو و در نتیجه تشکیل گره های مغزی، شناخته شده است.

ما از روش های غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار جهت یافتن مهارکننده های بالقوه HsCDK5 استفاده کردیم. مجموعه ای از ترکیبات

طبیعی از دیتابیس ZINC استخراج و با استفاده از روش غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار، غربال شدند.

297 مهارکننده بالقوه پیشگویی و از لحاظ ویژگیهای فارماکوکینتیک با استفاده از توصیف گرهای ADMET بررسی شدند. در نهایت17 ترکیب

انتخاب و جهت داکینگ مجدد استفاده شدند. بعد از غربال با داکینگ مولکولی و استفاده از آنالیزهای شباهت به دارو، 4 مهارکننده بالقوه

(ZINC85877721,ZINC96114862, ZINC96115616, and ZINC96116231) شناسایی شدند. این 4 لیگاند برای مطالعه

100 ns MDS به کار گرفته شدند.

از آنالیزهای RMSD, RMSF, Rg، تعداد پیوند هیدروژنی، , SASA, PCA و انرژی آزاد اتصال، ما فهمیدیم که 2 مهارکننده از این چهار

مهارکننده ( ZINC85877721 and ZINC96116231) انرژی اتصال خوبی را نشان داده و همچنین در سایر تحلیل های ساختاری نیز

خوب هستند. هر دو ترکیب ویژگیهای ساختاری و فارماکولوژیکی عالی نشان دادند برای اینکه به عنوان کاندیداهای دارویی در نظر گرفته شوند.

روی هم رفته این یافته ها نشان می دهند که 2 ترکیب پتانسیل خوبی دارند تا به عنوان عوامل امیدوارکننده جهت کاهش هایپرفسفوریلاسیون ناشی از

CDK5 در درمان AD در نظر گرفته شوند.

لینک مقاله:

https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/07391102.2019.1571947?journalCode=tbsd20